- 办公室（行政审批办公室） 2016-11-28
- 规划计划处 2016-11-28
- 政策法规处（水政执法处） 2016-11-28
- 财务处 2016-11-28
- 人事处 2016-11-28
- 水文水资源处 2016-11-28
- 节约用水处（省节约用水办公室） 2019-11-28
- 建设处 2016-11-28
- 河道处 2016-11-28
- 湖泊处 2016-11-28
- 水库处 2016-11-28
- 河湖长制工作处（省河湖长制办公室） 2019-11-28
- 水土保持处 2019-11-28
- 农村水利水电处 2016-11-28
- 移民处 2019-11-28
- 监督处 2016-11-28
- 水旱灾害防御处 2019-11-28
- 三峡工程管理处 2019-11-28
- 南水北调工程管理处 2019-11-28
- 科技与对外合作处 2019-11-28